העלייה בגידול הדמוגרפי, הגברת הנגישות לצפון, פיתוח התיירות והמסחר, נגישות למידע לגבי מקומות לטיולים ובילוי, ואי מודעות של האוכלוסייה לנזקים סביבתיים ואקולוגיים, הם שגורמים לרוב הנזקים והעומסים בנחלים.
מצב זה יצר מפגעים רבים, סביבתיים ואקולוגיים:
1. נסיעה של רכבים על גדות הנחלים ובתוך המים. גזי הפליטה, שמן ודלק בנחל ובסביבתו גורמים לזיהום במי השתייה. הרכב דורס צמחייה הגורמת לחשיפת קרקע והידוק אדמה, שלא מאפשרת לצמחייה להיאחז בקרקע. בחורף, האדמה מתפוררת מהגשם והסחף עלול לשנות את תוואי הנחל באופן לא טבעי. כמו-כן הרכב פוגע בבתי גידול של בע"ח שחלקם נדירים ובסכנת הכחדה. רעש המנוע מפחיד את בעלי החיים וגורם לשינוי בהתנהגות הטבעית, חשש מלהתקרב לנחל על מנת לשתות, לאכול ולחפש מקומות רבייה וגידול צאצאים.
2. פשיעה בנחלים: מסיבות סמים, אלכוהול, זנות ועבריינים שמתנחלים בנחל לתקופות ארוכות.
3. לינה של מטיילים בגדות הנחלים גורמת לבעיות שונות: נסיעה של רכבים, הקמת אוהלים, שימוש בגנראטורים לצרכים שונים, הדלקת מדורות, עשיית רעש ולכלוך.
4. עשיית צרכים בשטח.
5. שהיית לילה מצריכה יותר ציוד ואמצעים: סבון לשטיפת כלים במים, מחצלות, בלוני גז, תאורה, כלים חד פעמיים, בקבוקי זכוכית ועוד.
6. קשירת הצללות עם חבלים למיניהם שחונקים את העצים.
7. הבערת אש מסכנת את גדות הנחל: שריפות, השחתת צמחייה בחיפוש אחר ענפים למדורה, חוסר שליטה על אש גוברת, שפיכת גחליי מנגל לצד שורשי העצים או לפח כשהם עדיין בוערים ועוד. במקום שהייתה בו מדורה לא תגדל צמחייה .
8. לכלוך שנשאר בשטח נישא על ידי הרוחות למים ולגדות הנחל, גורם למפגעי יתושים, ריח, פגיעה בנוף עקב חומרים לא מתכלים. חיות בר מפזרות את הלכלוך ולעיתים אף נחנקות ומתות מבליעת שקיות ניילון.
9. שהיית בני האדם בטבע מונעת מבעלי החיים להגיע למקור מים. השטחים הפתוחים קטנים משנה לשנה בעקבות יצירת שטחים אורבניים, בניית כבישים חדשים, הקמת גדרות ושערים בשטחי חקלאות, כל אלה כמעט ולא משאירים לחי סיכוי לשרוד. עופות דורסים, רגישים מאוד לרעש ואור שבא כתוצאה ממטיילי הלילה ופוגע מאוד ביכולת הישרדותם. עם השנים נחשפות עוד ועוד פינות חמד אשר פוגעות ומונעות מעוד בעלי חיים לשרוד ויוצרות חישופי קרקע נוספים,
10. הליכה במים פוגעת בבתי גידול של מינים.
מספר הולך וגדל של שימושים בתחום נהר הירדן ומקורותיו כגון: תיירות, נופש, מסחר וחקלאות גרמו לעומס, שאינו מבוקר ואינו מתועל לתשתיות מוסדרות לקליטת קהל, כתוצאה מכך נגרמו לאורך השנים נזקים כבדים ולעיתים אף בלתי הפיכים, לצומח הטבעי לאורך גדות הנחלים, לחי במים ולאיכות המים.